光纖激光器在運行中會產生熱量，需要通過水冷器進行冷卻，可以更好的保護光纖激光器，保證光纖激光器的光輸出率，延長光纖激光器的使用壽命。 像一般的大功率激光設備，特別是千瓦級大功率光纖激光器，激光器發出的熱量很大，所以需要水冷冷水機。 100瓦的電桿可以用TEC空氣冷卻，但上升時必須用水冷卻。最好使用冷水機，最好使用蒸餾水，這樣可以保證棒條的冷卻，達到最好的恒溫效果。