對于運行中的冷水機組，環境條件和負荷都變成了固定值。此時，冷凝熱負荷也是一個固定值。規定進出水溫差為5℃，冷卻水量也必須是一定值，流量與進出水溫差成反比。因此，對于冷水機組的運行，只需規定冷卻水進出口的溫差即可。該流速通常由進出冷凝器的冷卻水的壓降控制。在標準工況下，冷凝器進出口水的壓降設定為68.6 kpa(0.7kg/cm:)。
在冷卻水系統的實際運行中，經常會出現以下誤操作:
(1)機組啟動前，不需要開啟的機組上的凝汽器進水閥未關閉，導致進水。部分冷卻回水從啟動機組冷凝器流出，減少了運行機組冷凝器中的冷卻水流量，導致冷凝壓力升高，主機運行電流增大，機組制冷量下降，甚至機組嚴重停機，浪費電能，降低制冷效果，易損壞設備。
由于之前的誤操作，主機冷凝壓力和冷卻水出口溫度升高。給操作者造成了錯誤的判斷。誤以為冷凝器進水閥和冷卻水泵出水閥因冷卻水量不足而加大，部分冷卻塔風機也加大，導致水泵和冷卻塔風機耗電量增加
(3)更糟糕的是，盲目增加一臺冷卻水泵。雖然增加冷卻水泵確實可以降低冷卻水的溫度和冷凝壓力，但畢竟浪費了一臺泵的電能。所以，加錯冷卻水系統是不對的。正確的操作方法如下:
(1)開機前，關閉不需要操作的機組冷凝器進水閥，防止水竄。
[2]打開待運行機組凝汽器上的進出水閥門(一般情況下，出水閥門為常開，進水閥門按要求啟閉。冷凝器和蒸發器是一樣的。啟動相應的冷卻水泵。將冷凝器的進出口壓力調整到68.6kPa (0.7 kg/cm)左右:(壓降是基于克服管道阻力的原理。低一點的更好省電)。
(3)如果凝汽器進出水壓力表指針擺動過大，說明冷卻水系統中有空氣體。有必要排出空氣體。壓力表指示正常后，繼續下一步操作。
(4)運行中，無論開啟多少臺機組，一臺主機使用一臺冷卻水泵(匹配必須相同)。

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